证明已经分居的证据：1、夫妻一方在外居住所签订的房屋租赁合同；2、双方签订的夫妻分居书面协议；3、居委会（或物业）居住证明，水、电、煤气发票等；4、能证明双方感情不和分居事实的双方来往的书信、电子邮件等；5、双方已经分居的证人证言，比如双方都认识的朋友，亲戚或邻居的证人证言。
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分居从夫妻双方实际分床分食时起算。在无分居协议的情形下，可以用在外独自居住的租房协议或者独自居住的小区物业证明或者邻居的证言也可以证明
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协议需要双方确认方可有效。分居亲人作证可以，但是一般证明力较低。分居的事实可以从其他各方面予以佐证